Theo đó, đối với trường ĐH công lập, Hiệp hội các trường ĐH-CĐ Việt Nam kiến nghị, chưa nên thực hiện tự chủ ĐH đồng thời ở tất cả các trường mà cần phải có lộ trình phù hợp. Ngoài ra, nhà nước cần có nhiều mức độ tự chủ khác nhau cho các cơ sở giáo dục ĐH.
Xét về mặt pháp lý hiện chỉ mới có 23 trường ĐH công lập được quyền thí điểm thực hiện tự chủ ĐH, các trường ĐH còn lại vẫn đang được hoạt động theo cơ chế chủ quản. Do đó, trước khi triển khai đại trà tự chủ ĐH, Chính Phủ nên cho định kỳ đánh giá việc thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động của 23 cơ sở giáo dục ĐH công lập theo Nghị quyết 77 (Nghị quyết về thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với các cơ sở giáo dục ĐH công lập giai đoạn 2014-2017).
"Tuy nhiên, mấy năm qua luật 34/2018/QH14 (luật Sửa đổi bổ sung một số điều của luật Giáo dục ĐH) và Nghị định 99/2019 (quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật Sửa đổi bổ sung một số điều của luật Giáo dục ĐH), cũng như chỉ đạo từ một số cơ quan quản lý lại làm cho các trường ĐH và cả xã hội lầm tưởng rằng tất cả các cơ sở giáo dục ĐH đều được trao quyền tự chủ đầy đủ", văn bản nêu.
Cũng theo văn bản này, qua một số cuộc điều tra gần đây có thể thấy nhiều trường ĐH, kể cả không ít trường ĐH lớn đã thí điểm tự chủ, còn chưa sẵn sàng tự nguyện chuyển qua cơ chế tự chủ. Do đó trước mắt nhà nước cần chia các trường ĐH công lập thành 3 nhóm: trường tự chủ, trường bán tự chủ và trường chưa tự chủ.
Sinh viên một trường ĐH công lập trong ngày khai giảng. H.A
"Không đánh đồng tự chủ với tự túc về nguồn lực"
Quyền tự chủ của nhà trường chỉ có thể trao cho một tập thể lãnh đạo (tức hội đồng trường), không thể trao cho cá nhân hiệu trưởng. Trường hợp ngược lại, hiệu trưởng rất dễ trở thành nhà độc tài. Do đó chỉ các trường ĐH công lập được tự chủ mới thực sự cần có hội đồng trường.
Đáng chú ý, văn bản nêu: "Hoàn toàn không hợp lý khi Bộ GD-ĐT trong các năm vừa qua chỉ đạo thành lập đại trà hội đồng trường ở cả những trường còn chưa được chuyển qua cơ chế tự chủ và ở những trường mà cơ quan chủ quản còn chưa tự nguyện từ bỏ vai trò quản lý trực tiếp của mình đối với cơ sở giáo dục ĐH".
Hiệp hội cho rằng, xóa bỏ cơ quan chủ quản hay xóa bỏ cơ chế cơ quan chủ quản để ngăn chặn tệ nạn quản lý kiểu "xin-cho" nhằm giúp cho hội đồng trường có thực quyền nhưng không thể phủ nhận vai trò lãnh đạo cực kỳ quan trọng của các cơ quan quản lý nhà nước và của cấp ủy Đảng.
"Không đánh đồng tự chủ với tự túc về nguồn lực như quan niệm hiện nay. Nhà nước không nên cắt ngân sách của các trường ĐH tự chủ mà trái lại cần tăng cường hỗ trợ ngân sách cho những trường triển khai thành công chủ trương tự chủ ĐH, xem đó như là những nơi xứng đáng được nhà nước tập trung đầu tư để nâng nhanh chất lượng của những trường này lên, giúp các trường sớm trở thành trường trọng điểm quốc gia", văn bản kiến nghị.
Trong khi đó đối với trường ĐH tư thục, Hiệp hội các trường ĐH-CĐ Việt Nam cho rằng việc luật 34/2018/QH14 và Nghị định 99/2019/NĐ-CP cho nhà đầu tư có quyền lực quá lớn, thậm chí có thể dễ dàng vô hiệu hóa hội đồng trường, là điều bất cập. Do đó, cần phải nghiên cứu điều chỉnh, bổ sung để hoàn thiện các quy định cho trường ĐH tư thục.