Năm học 2024-2025, tổng chỉ tiêu tuyển sinh Trường phổ thông Năng khiếu là 595 học sinh.
Trong đó, tại cơ sở quận 5, trường tuyển 245 học sinh cho 7 lớp chuyên: toán, tin, lý, hóa, sinh, ngữ văn, tiếng Anh.
Chuẩn đầu ra tại các lớp chuyên tại cơ sở quận 5 nhấn mạnh sự phát triển năng lực học thuật, được tiếp cận sớm với kiến thức chuyên môn sâu ở phổ thông và cấp độ đại học, định hướng phát triển tài năng vào các lĩnh vực khoa học mũi nhọn ở các bậc học cao hơn.
Cơ sở Thủ Đức (tại Khu đô thị Đại học Quốc gia TP.HCM) tuyển 350 học sinh vào 10 lớp chuyên định hướng lĩnh vực liên ngành: toán-liên ngành, tin-liên ngành, vật lý-liên ngành, hóa học-liên ngành, sinh học-liên ngành, tiếng Anh-liên ngành và ngữ văn-liên ngành.
Các lớp chuyên này chú trọng sự phát triển năng lực tư duy liên ngành thông qua cơ hội trải nghiệm nghề nghiệp đa dạng, định hướng phát triển tài năng,…
Về học phí: Cơ sở ở quận 5 là 1.495.000 đồng/tháng. Cơ sở sở Thủ Đức (bán trú) là 2.650.000 đồng/tháng.